这部电影围绕着新的神奇宝贝雪拉比展开，这是一种独一无二的像蔬菜一样的虫子，它的唯一亲属是来自其他时间点的西里比。这部电影开始于一个名叫萨姆的小男孩试图从猎人手中救出雪拉比的过去。作为回报，雪拉比使用他的力量把自己和山姆传送到现在，小智的时代。山姆和亚什成为好朋友，因为他们从新团队火箭恶棍，铁面具掠夺者和他的黑球中拯救雪拉比，这将神奇宝贝变成邪恶的，并将他们的力量增加到最大限度。然而，一只稀有的神奇宝贝没有另一只的帮助是不安全的——这就是《北风》中的水君。
